Med et omfattende netværk af 9 havne, Madagascar kan prale af en stærk maritim infrastruktur. Nøglehubs som Antalaha, Antsiranna (Diego Suarez), Majunga er medvirkende til at håndtere store mængder handel, tilbyde forskellige logistiske muligheder og sikre modstandsdygtig forbindelse til internationale skibsbaner over hele kloden.