Med et omfattende netværk af 165 havne, Japan kan prale af en stærk maritim infrastruktur. Nøglehubs som Abashiri, Aburatsu, Aioi er medvirkende til at håndtere store mængder handel, tilbyde forskellige logistiske muligheder og sikre modstandsdygtig forbindelse til internationale skibsbaner over hele kloden.