Med et omfattende netværk af 91 havne, Indonesia kan prale af en stærk maritim infrastruktur. Nøglehubs som Amamapare, Ambon, Balikpapan er medvirkende til at håndtere store mængder handel, tilbyde forskellige logistiske muligheder og sikre modstandsdygtig forbindelse til internationale skibsbaner over hele kloden.