Med et omfattende netværk af 5 havne, Honduras kan prale af en stærk maritim infrastruktur. Nøglehubs som La Ceiba, Puerto Castilla (HN), Puerto Cortes er medvirkende til at håndtere store mængder handel, tilbyde forskellige logistiske muligheder og sikre modstandsdygtig forbindelse til internationale skibsbaner over hele kloden.