Med et omfattende netværk af 4 havne, El Salvador kan prale af en stærk maritim infrastruktur. Nøglehubs som Acajutla, La Libertad, LA UNION er medvirkende til at håndtere store mængder handel, tilbyde forskellige logistiske muligheder og sikre modstandsdygtig forbindelse til internationale skibsbaner over hele kloden.