Ar visaptverošu tīklu 9 ostas, Madagascar lepojas ar spēcīgu jūras infrastruktūru. Atslēgu centrmezgli, piemēram Antalaha, Antsiranna (Diego Suarez), Majunga ir būtiska nozīme liela apjoma tirdzniecībā, piedāvājot dažādas loģistikas iespējas un nodrošinot elastīgu savienojamību ar starptautiskajām kuģniecības joslām visā pasaulē.