Ar visaptverošu tīklu 91 ostas, Indonesia lepojas ar spēcīgu jūras infrastruktūru. Atslēgu centrmezgli, piemēram Amamapare, Ambon, Balikpapan ir būtiska nozīme liela apjoma tirdzniecībā, piedāvājot dažādas loģistikas iespējas un nodrošinot elastīgu savienojamību ar starptautiskajām kuģniecības joslām visā pasaulē.