Ar visaptverošu tīklu 16 ostas, Estonia lepojas ar spēcīgu jūras infrastruktūru. Atslēgu centrmezgli, piemēram Dirhami, Heltermaa, Kuivastu ir būtiska nozīme liela apjoma tirdzniecībā, piedāvājot dažādas loģistikas iespējas un nodrošinot elastīgu savienojamību ar starptautiskajām kuģniecības joslām visā pasaulē.