Ar visaptverošu tīklu 4 ostas, El Salvador lepojas ar spēcīgu jūras infrastruktūru. Atslēgu centrmezgli, piemēram Acajutla, La Libertad, LA UNION ir būtiska nozīme liela apjoma tirdzniecībā, piedāvājot dažādas loģistikas iespējas un nodrošinot elastīgu savienojamību ar starptautiskajām kuģniecības joslām visā pasaulē.